（1989 ～ 1995 年度は、継続して文部科学省科学研究費補助金奨励研究（Ａ）を受ける。また、1989 ～ 2005 年度まで、渡部良久、光藤武明京都大学名誉教授らが受けた科学研究費補助金基盤研究（Ａ）、（Ｂ）の研究分担者を務める。）

(1)

文部科学省科学研究費補助金　基盤研究 (C)(2）（1996 年度）
「π－アリルルテニウム錯体の特異的反応性を利用した新規接触合成反応の開発」、
研究代表者：近藤輝幸

(2)

文部科学省科学研究費補助金　基盤研究 (C)(2)（1997 ～ 1998 年度）
「ルテニウム錯体を用いる接触的 Pauson-Khand 反応の開発」
研究代表者：近藤輝幸

(3)

文部科学省科学研究費補助金　基盤研究 (C)(2)（1999 ～ 2000 年度）
「ルテニウム錯体触媒の特性を活かした新規カルボニル化反応の開発」
研究代表者：近藤輝幸

(4)

文部科学省科学研究費補助金　基盤研究 (C)(2)（2001 ～ 2002 年度）
「触媒的炭素結合切断／再構築反応による新合成手法の創成」
研究代表者：近藤輝幸

(5)

文部科学省科学研究費補助金特定領域研究（2001 ～ 2003 年度）
「多元素環状化合物の創製」、領域代表者：奈良坂紘一、公募研究代表者：近藤輝幸

(6)

文部科学省先端融合領域イノベーション創出拠点形成プログラム（2006 ～ 2015 年度）
「高次生体イメージング先端テクノハブ」、研究代表者：松本紘（京都大学総長）、執行責任者・分子プローブグループリーダー：近藤輝幸

(7)

文部科学省科学研究費補助金特定領域研究（2006 ～ 2008 年度）
「炭素資源の高度分子変換」、領域代表者：丸岡啓二、公募研究代表者：近藤輝幸

(8)

文部科学省科学研究費補助金特定領域研究（2007 ～ 2009 年度）
「元素相乗系化合物の化学」、領域代表者：宮浦憲夫、公募研究代表者：近藤輝幸

(9)

文部科学省革新的イノベーション創出プログラム（COI STREAM）（2013 年度 ～）
「活力ある生涯のための Last5X イノベーション拠点」、
プロジェクトリーダー：野村　剛（パナソニック株式会社　常務取締役）

(10)

（独）日本学術振興会科学研究費補助金（基盤研究 (B)）（2003 ～ 2005 年度）
「環境調和型遷移金属錯体触媒を用いる極性小分子の高効率活性化」、
研究代表者：近藤輝幸

(11)

（独）日本学術振興会科学研究費補助金（基盤研究 (B)）（2006 ～ 2007 年度）
「環境調和型新規遷移金属錯体触媒の創製とその革新的環構築反応への高度利用法の開発」、
研究代表者：近藤輝幸

(12)

（独）日本学術振興会科学研究費補助金（基盤研究 (B)）（2008 ～ 2010 年度）
「反応性メタラサイクルを鍵中間体とする環境調和型革新的環状化合物構築反応の開発」、
研究代表者：近藤輝幸

(13)

（独）日本学術振興会科学研究費補助金（挑戦的萌芽研究）（2010 ～2011 年度）
「末端アルケンの反マルコフニコフ水和反応への挑戦」、
研究代表者：近藤輝幸

(14)

（独）日本学術振興会科学研究費補助金（挑戦的萌芽研究）（2012 ～ 2013 年度）
「二酸化炭素の再資源化によるグリーン・イノベーションへの挑戦」、
研究代表者：近藤輝幸